chereを使うと簡単。Cygwinのパッケージインストーラーから探して入れておく。 実行時は管理者権限でCygwinを起動しておく必要がある。
chere -ian -e "Open in Cygwin" -t mintty -s zsh
【chere】右クリックから現在のフォルダをCygwinのBashで開く(ショートカットキー対応)